آثار
آثار موسیقایی: خالقی قطعات، تصنیفها و سرودهای بسیاری دارد.
قطعات: رنگارنگ ۱ در دستگاه اصفهان، رنگارنگ ۲ در دستگاه ماهور، نغمههای ماهور (بر اساس غزل «دل میرود ز دستم...» از حافظ)، می ناب (بر اساس غزل «دیشب به سیل اشک...» از حافظ)، آه سحر (بر اساس غزلی از فروغی بسطامی)، بوی جوی مولیان (گلهای رنگارنگ شماره ۲۵۴)، جامجم، شب هجران، حالا چرا (بر اساس غزلی از شهریار).
تصنیفها: یار رمیده، هستی عاشقان، پیمانشکن، وعدهٔ وصال، لالهٔ خونین، نغمهٔ نوروزی، بهار عاشق، آتشین لاله، خاموش، امید زندگی، شب جوانی و شب هجران. قطعات امید زندگی، شب جوانی و شب هجران آثاری از خالقی هستند که در فیلم طوفان زندگی استفاده شدهاند.
سرودها: پند سعدی، دانش، شادی، هنر، امید، آذربایجان (شعر از رهی معیری)، اصفهان، ای ایران و نفت از کارهای وی است. سرود نفت در سال ۱۳۳۱ به مناسبت ملی شدن صنعت نفت تصنیف شده است و شعر آن از معیری است.
خالقی به جز آهنگسازی، به تنظیم و اجرای بسیاری از تصنیفهای قدیمی شیدا و عارف برای ارکستر نیز پرداخته است. وی تعدادی از آهنگهای علینقی وزیری مانند شکایت، نی، خریدار تو، دلتنگ، و کاروان را با ارکستر اجرا و رهبری کرده است.
تصنیف خاموش آخرین اثر خالقی است. این آهنگ در دستگاه ماهور ساخته شده است و ارکستر گلها آن را به رهبری خالقی و با همراهی پیانوی جواد معروفی به شماره ی گلهای رنگارنگ ۲۳۷ اجرا کرده است. شعر این تصنیف از رهی معیری است:
نه دل مفتونِ دلبندی، نه جان مدهوشِ دلخواهی
نه بر مُژگان من اشکی، نه بر لبهای من آهی
نه جان بینصیبم را، نه از شمعی نه از جمعی
ندارد خاطرِم الفت، نه با مِهری نه با ماهی
کیم من، آرزو گم کردهای تنها و سرگردان
نه آرامی، نه امیدی، نه همدردی، نه همراهی
گَهی اُفتان و خیزان، چون غُباری در بیابانی
گَهی خاموش و حیران، چون نگاهی بر نظرگاهی
رهی تا چند سوزم، در دل شبها چو کوکبها
به اقبال شَرر نازم، که دارد عُمر کوتاهی
آثار تالیفی: کتابهای خالقی عبارتاند از: نظری به موسیقی در ۱۳۱۶ و ۱۳۱۷، کتاب هماهنگی در ۱۳۲۰ (ترجمه)، سرگذشت موسیقی ایران: جلد اول این کتاب در ۱۳۳۳، جلد دوم در ۱۳۳۵ و جلد سوم آن پس از مرگ خالقی به کوشش علی محمد رشیدی در ۱۳۷۷ منتشر شده است، کتاب ویولن، تار و سهتار.
خالقی مجلهٔ چنگ را نیز منتشر کرد که کلاً چهار شماره از آن چاپ شد. وی در مجلههای موزیک ایران و موسیقی نیز مقالاتی نوشته است.
**********
خالقی و حفظ موسیقی ایرانی:
خالقی در دورانی فعالیت میکرد که موسیقی غربی در ایران رواج داشت و بسیاری موسیقی ایرانی را غیرعلمی و تدریس آن را بیهوده میدانستند. حتی در بازهای موسیقی ایرانی در هنرستان عالی موسیقی تدریس نمیشد و بسیاری از کسانی که سازهای سنتی مینواختند در این بازه به سازهای اروپایی روی آوردند یا هنرستان عالی موسیقی را ترک کردند. در این دوران خالقی و استاد محبوبش علینقی وزیری برای حفظ موسیقی ایرانی تلاشهای بسیاری کردند.